Endoskopi içi boş organların iç yüzeyini kaplayan örtü tabakasının bir aletle incelenmesidir. Bu alet hem görüntülemeyi hem de biyopsi gibi bazı işlemleri yapmaya olanak sağlar. Eğer yemek borusu, mide ve onikiparmak barsağını görüntülemek için endoskopi yapılıyorsa bunun tıptaki adı 'özefagogastroduodenoskopi' ve ya gastroskopidir.Eğer kalınbağırsak için yapılıyorsa bunun adı da 'kolonoskopi'dir.