Crohn hastalığında hem terminal ileumun hem de çekumun hastalanması oldukça sıktır. İnflamasyon ağırsa ve tedaviye dirençli ise barsağın hastalıklı kısmını çıkartmak gerekli olabilir. Ardından, ince ve kalın barsağın iki sağlıklı ucu birleştirilir. Bu ameliyat ileo-çekal rezeksiyon olarak bilinmektedir. Eğer kalın barsağın ilk kısmı da etkilenmişse, terminal ileum ve çekum ile birlikte bu kısım da çıkartılabilir (sınırlı sağ hemikolektomi).